病原微生物引起的食源性疾病是影响食品安全的主要因素，常用检测方法有培养法、免疫法、核酸检测等。目前荧光PCR法已应用在副溶血性弧菌、沙门氏菌、金黄色葡萄球菌、大肠杆菌和和阪崎肠杆菌等。
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实验流程：文库制备—数字PCR—芯片测序—数据分析。如：针对50个肿瘤相关基因的207个常见突变区域设计引物，在同一管中进行多重PCR，随后纯化扩增产物，利用PGM进行seq分析
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蚜虫是为害蔬菜作物的一类重要害虫, 如不防治会给蔬菜生产造成重大损失。因化学农药的不合理使用, 蔬菜蚜虫对多种类型的杀虫药剂均产生了不同程度的抗性。
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食品过敏原是指食物中能够引起机体免疫系统异常反应的成分， 常见过敏原有：蛋品、花生、牛奶、黄豆、坚果、鱼类和甲壳类食品等。
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利用高通量测序技术, 从柑橘、葡萄、苹果和桑树等多种多年生木本植物中检测到了新的双生病毒, 显示出了高通量测序技术所独有的、传统检测技术所不具备的优势。
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