产品介绍

微生物重测序能够快速解析菌株之间的变异信息。利用高通量测序技术，对一个物种的全基因组进行测序，并与近缘参考基因组进行比对，开发海量的SNP，InDel等分子标记，系统全面的检测菌株之间的基因变异信息。同时还可进一步进行物种进化、种群特征、选择压力等深入研究。

适用范围

有参考基因组的菌株或真菌；

选择具有代表性的个体。

技术优势

    快速精准高效的解析基因组之间的差异，对全基因组的每一个碱基进行分析，获得最广泛的分子标记；

    遗传变异类型丰富：单核苷酸多态性（SNP）、插入缺失（InDel）一网打尽，深度解析基因变异的各个方面；

快速高效：仅仅45个工作日即可完成全部分析内容，全方位加速微生物基因组快速发展；

精准分析：10年以上项目经验的专业分析人员深入解析，精确解决科研过程中的各个问题。

技术流程

重测序建库及测序流程

微生物重测序分析流程

技术参数

案例解析

案例一：蛭弧菌个体重测序

蛭弧菌（Bdellovibrio bacteriovorus）是一类能寄生于其它细菌，并能导致其裂解的革兰氏阴性菌。蛭弧菌比一般的细菌个体小，能通过细菌滤器，有类似噬菌体的作用，是一类能“吃掉”细菌的细菌。文章对一株野生型和一株突变型蛭弧菌进行了全基因组重测序，该突变型蛭弧菌可以不依赖宿主繁殖与生存。与参考基因组比对后，两株蛭弧菌分别获得28,386和28,379个突变位点，它们之间的差异突变位点为19个，其中包括一个2bp的InDel引起了hit基因的移码突变，该基因与蛭弧菌的宿主依赖性相关。

                         图1  两株蛭弧菌的基因组圈图

案例二：裂殖酵母群体重测序

裂殖酵母（Schizosaccharomyces pombe）是重要的真核模式生物，对100年来全球20个国家和地区收集的161个自然菌株的基因组进行了重测序，测序深度中值为76×。结果发现这些菌株有适中的遗传多态性（π=3×10-3）和较弱的群体结构。同时发现裂殖酵母的起源可以追溯到约公元前340年，并且一些重要的起源时间节点和古代文明的发展密切相关。通过全基因组关联分析揭示了基因型和表型变异之间的关系。

图1 全基因组关联分析结果

参考文献

[1]Wurtzel O, Dori-Bachash M, Pietrokovski S, et al. Mutation detection with next-generation resequencing through a mediator genome[J]. PLoS One, 2010, 5(12): e15628.

[2] Jeffares D C, Rallis C, Rieux A, et al. The genomic and phenotypic diversity of Schizosaccharomyces pombe[J]. Nature Genetics, 2015, 47(3): 235-241.

常见问题

（1）上机测序前如何判断样本是否有其他细菌污染？

送样后，美吉会对细菌样本的16S rRNA进行扩增、测序和比对，确认是否存在其他细菌污染，如果一代测序峰图有明显的双峰现象，或者NCBI的比对结果与预期结果不相符，则可以判断样本中存在污染。

（2）重测序分析是否进行de novo拼接？

能够比对到参考基因组上的reads序列是不进行de novo拼接的，但美吉会对没有比对到参考基因组上的reads进行de novo组装，发现基因组大片段插入和缺失。