在现代蛋白质组学研究中，质谱技术无疑是推动发现和解析蛋白功能的重要工具。从大规模蛋白质鉴定到翻译后修饰（PTMs）分析，传统的数据库匹配型质谱策略（如DDA、DIA）为我们提供了广泛的表达谱信息。然而，当研究聚焦于某个特定蛋白的完整一级结构解析时，研究者往往会遇到一个棘手问题：

“明明测了，数据库也匹配了，但就是无法还原出一条完整的氨基酸序列。”

为什么会出现这样的“盲区”？为什么全长蛋白测序（protein de novo full-length sequencing）变得越来越不可或缺？本文将从机制差异、技术限制与应用场景三方面，系统解析传统质谱的局限与全长测序的核心价值。

一、传统质谱的基本逻辑：基于数据库的“拼图识别”

传统的蛋白质组学分析流程通常如下：

• 蛋白酶切（Trypsin等）生成肽段；
• 质谱检测肽段质量/碎片信息（MS/MS）；
• 通过数据库匹配算法（如SEQUEST、Mascot）将肽段与参考序列匹配；
• 根据命中肽段的数量与覆盖率推测蛋白存在与否。

虽然这种方法高通量、覆盖广、适合发现型研究，但它对“蛋白序列全貌”的解析，存在天生局限。

二、传统质谱难以实现全长覆盖的核心原因

三、蛋白全长测序的核心优势与不可替代性

为了解决上述问题，蛋白全长de novo测序应运而生。它采用“多酶裂解 + 高分辨质谱 + AI拼接算法”组合，具备如下优势：

1、无数据库依赖，完全基于原始谱图识别

AI算法可从碎片谱图中直接拼接氨基酸序列，无须参考数据库，完美解决“未知蛋白/突变蛋白”识别问题。

2、全覆盖设计，拼出完整序列

多种裂解酶组合（Trypsin、Glu-C、Asp-N、Chymotrypsin等）提高覆盖率； 冗余肽段交叉验证； 高分辨谱图+AI拼接 → 组装出从N端到C端的全长序列

3、精确识别突变、异构体与修饰

• 可识别单点突变（SNP）/替代残基；
• 分辨结构异构体（如抗体不同轻链）；
• 标注PTMs类型与位置（磷酸化、乙酰化等）；
• 捕捉N端/C端变化，如信号肽剪切、N端乙酰化。

4、真正实现蛋白质“一级结构闭环验证”

特别适用于：

• 重组蛋白表达产物验证；
• 抗体测序与人源化分析；
• 蛋白药一致性比对；
• 新蛋白功能结构研究。

当蛋白质组学迈向结构级、功能级验证阶段，依赖数据库的传统识别策略已难以满足“分子精准化”研究的需求。蛋白全长测序不仅是传统方法的延伸，更是解析未知序列、验证关键区域、确保序列完整性的重要手段。

蛋白全长测序 = 全覆盖 + 无数据库依赖 + 修饰与突变识别 + N/C端验证

百泰派克生物科技通过构建AI谱图解析引擎、整合多酶裂解体系和高分辨率质谱平台，为科研与产业客户提供可验证、可追溯、可出版的蛋白一级结构信息，助力您实现结构研究的闭环突破。

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

4.七大质量控制检测平台，满足您一站式服务需求；

5.服务3000+企业，10000+客户的选择；

6.致力于为您提供优质的生物质谱分析服务!

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