SWATH质谱（Sequential Window Acquisition of All Theoretical Mass Spectra）是一种新型的数据独立采集技术，近年来在蛋白质组学研究中备受关注。这种技术通过在固定质量范围内对所有离子进行碎片化分析，解决了传统数据依赖采集模式下无法全面覆盖低丰度蛋白质的难题。这项技术的出现不仅提升了定量蛋白质组学的覆盖范围和数据重复性，还显著增强了蛋白质鉴定和定量的深度与灵敏度，推动了生命科学研究的进步。作为一种高效、高通量的蛋白质组学工具，SWATH质谱以其全面覆盖、稳定性高和无需重复检测的特点脱颖而出。在传统方法中，复杂样本中往往存在低丰度信号被掩盖的问题，而该技术采用全扫描窗口覆盖方式，确保样本中的每一种可检测蛋白质都能被充分捕获。更重要的是，它不仅适用于静态样本的分析，还能高效监测生物系统在动态环境中的变化，这使得它在基础研究和应用研究中成为不可或缺的技术之一。此外该技术还特别适用于复杂样本的多样性研究，在许多研究场景中，如癌症或代谢性疾病的分子机制探索，样本的异质性往往为传统分析方法带来极大挑战。这项技术通过无偏采集模式克服了这一限制，能够同时检测高丰度和低丰度蛋白，并对其进行精准定量。这种全面的数据覆盖能力，不仅提高了研究结果的可靠性，还为系统生物学研究提供了宝贵的全局性视角。凭借这些技术优势，SWATH质谱已经成为蛋白质组学领域的重要工具之一，并广泛应用于疾病诊断、生物标志物发现、药物靶点验证等多个方向。

一、SWATH质谱的技术原理与分析流程

1、样本制备：将复杂的蛋白质样本进行裂解、酶切，并将生成的肽段通过液相色谱系统分离，此步骤确保样本的多样性被有效保留，并减少复杂背景的干扰。

2、数据采集：SWATH质谱以预设的质量数范围为基础，将扫描范围分成若干连续的质量窗口（例如25 m/z）。每个窗口内的所有母离子都会被同时选择，并进行碎片化生成MS/MS数据。这种数据独立采集模式不再依赖信号强度，从而避免了低丰度信号的丢失。

3、数据分析：SWATH生成的碎片谱需与标准肽谱库进行比对。谱库中包含目标蛋白质的特征肽段信息，如质荷比（m/z）、保留时间、特征离子等。通过匹配这些特征，能够准确鉴定和定量蛋白质。

4、定量分析：利用定量算法，SWATH质谱提供样本中每种蛋白质的绝对或相对丰度信息，特别适用于样本间的差异分析和生物标志物的发现。

二、SWATH质谱的技术应用与意义

1、疾病标志物发现：在癌症、心血管疾病等领域，SWATH质谱通过全面分析蛋白质表达谱，揭示疾病发生发展的关键分子机制，并发现潜在的诊断或治疗标志物。

2、药物研发：SWATH质谱能够对药物作用的靶点蛋白及相关信号通路进行全局分析，为药物设计和优化提供重要参考。

3、时间动态研究：通过连续监测蛋白质表达的变化，SWATH质谱在揭示细胞分化、炎症反应等生物学过程中的动态调控机制方面具有独特优势。

4、多组学联合研究：SWATH质谱与代谢组学、转录组学等技术结合，能够深入解析基因、蛋白质与代谢物之间的复杂网络关系，为系统生物学研究提供全新视角。

三、SWATH质谱研究中的注意事项与挑战

首先，谱库的质量对数据分析至关重要，标准谱库的构建需要耗费大量资源和时间且谱库覆盖的蛋白质种类限制了鉴定的广度。其次，由于SWATH产生的数据量庞大，生物信息学分析的计算能力和算法优化成为研究中的瓶颈。此外，实验设计中需严格控制样本制备的批次效应，以确保数据的准确性和可重复性。

百泰派克生物科技凭借专业的技术团队和先进的SWATH质谱平台，为客户提供SWATH定量蛋白组学服务的全流程服务，我们的定制化解决方案可帮助研究人员高效获取可靠的数据，深入挖掘生物样本中的信息。

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

4.七大质量控制检测平台，满足您一站式服务需求；

5.服务3000+企业，10000+客户的选择；

6.致力于为您提供优质的生物质谱分析服务!

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